铝合金机箱做了导电氧化后，表面的指纹擦不掉的原因主要可以归结为以下几点：

一、导电氧化的特性

1. 氧化膜形成：导电氧化是通过电化学反应在铝合金表面生成一层氧化膜。这层氧化膜不仅提高了铝合金的电磁屏蔽性和耐蚀性，还改变了其表面的物理和化学性质。
2. 氧化膜厚度与性质：导电氧化形成的氧化膜相对较薄，但其结构紧密且与基体结合牢固。这种结构使得氧化膜具有一定的硬度和耐磨性，但同时也可能使得一些污渍（如指纹）难以被简单擦除。

二、指纹的化学成分与反应

1. 指纹成分：指纹中主要含有汗液、油脂、皮屑等有机物和无机盐。这些成分在与铝合金表面的氧化膜接触时，可能发生化学反应或物理吸附，从而在氧化膜表面形成难以去除的污渍。
2. 反应与吸附：特别是汗液中的氯化钠、乳酸等物质，它们与铝合金表面的氧化膜发生反应后，可能生成一些难以溶解或分解的化合物，这些化合物进一步增加了指纹去除的难度。

三、生产过程中的问题

1. 前处理不彻底：在导电氧化前，如果铝合金表面的油污、杂质等前处理不彻底，这些残留物在氧化过程中可能与氧化膜结合，形成难以去除的污渍。
2. 操作不当：在导电氧化过程中，如果操作不当（如手套不干净、接触时间过长等），也可能导致指纹等污渍在氧化膜表面留下并难以去除。

四、解决方案

1. 加强前处理：在导电氧化前，应确保铝合金表面干净无油污、杂质等残留物。可以通过延长脱脂时间、提高脱脂效果等方法来加强前处理。
2. 优化操作过程：在导电氧化过程中，应注意操作规范，避免手套不干净、接触时间过长等问题。同时，可以定期对设备进行清洗和维护，以保持生产环境的清洁。
3. 使用专业清洗剂：对于已经形成的难以去除的指纹等污渍，可以使用专业的清洗剂进行清洗。这些清洗剂通常具有针对性的化学成分和物理性质，能够有效地去除氧化膜表面的污渍。

综上所述，铝合金机箱做了导电氧化后表面的指纹擦不掉的原因是多方面的，包括导电氧化的特性、指纹的化学成分与反应、生产过程中的问题等。为了解决这个问题，可以从加强前处理、优化操作过程和使用专业清洗剂等方面入手。